在《分子营养学与食品研究》期刊近期发表的一项研究中，一组研究人员探究了长期摄入橙汁（OJ）对健康成年人外周血单个核细胞（PBMCs）转录组的影响，以及不同体重指数（BMI）状态下的反应是否存在差异。这是一项单组前后干预研究，没有对照饮料；研究结果仅显示转录组学关联，并不能确立因果关系。单个基因的折叠变化范围在补充数据中有所报告，但在正文中未作强调。
柑橘类黄酮的营养基因组学潜力
如果一种早餐主食能够悄然调节那些调控血压、脂质和炎症的基因，会怎么样呢？柑橘类水果，尤其是橙汁，含有橙皮苷和柚皮苷等黄酮类化合物，这些物质可能会影响血管张力、脂质代谢和免疫信号传导。然而，大多数人会问，每天喝一杯橙汁是否真的能以有意义的方式改变生理状况，以及体重是否会影响这种反应。
绘制循环免疫细胞中的基因活性图谱，能够将日常饮食习惯与家庭所关注的健康结果联系起来，不过这篇机制性论文并未新评估临床终点；来自同一队列的先前研究表明，每天摄入500毫升橙汁，持续60天，能降低血压和体脂率。
参与者情况与研究设计
20名健康成年人（10名男性，10名女性；年龄21-36岁），均无慢性疾病，在为期3天的无柑橘类食物清洗期后，连续60天每天摄入500毫升巴氏杀菌橙汁，分两次在家服用；干预期间，参与者也避免食用柑橘类食物。
在基线（T0）和第60天（T60）采集空腹血液。分离出外周血单个核细胞并提取总核糖核酸（RNA）。利用Clariom D微阵列对全局转录组进行分析；差异表达特征定义为错误发现率校正后的p<0.05。
多组学与计算分析
使用GeneTrail结合京都基因与基因组百科全书（KEGG）、WikiPathways和BioCarta进行通路富集分析；使用相互作用基因/蛋白质检索工具（STRING）分析蛋白质-蛋白质相互作用网络。
利用Enrichr识别预测的转录因子。通过Mienturnet/miRTarBase获取微小RNA（miRNA）靶点；通过LncRRIsearch获取长链非编码RNA（lncRNA）靶点；同时还记录了小核仁RNA（snoRNA）的变化。疾病关联分析采用比较毒理基因组学数据库。
黄酮类代谢物的分子对接
通过计算机分子对接（SwissDock），测试了II相黄酮类代谢物（例如橙皮素和柚皮素的葡萄糖醛酸苷/硫酸盐）以及肠道衍生的分解代谢物与候选转录因子的相互作用，这些转录因子包括核因子κB（NF-κB）亚基1、芳香烃受体（AHR）、过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPARA）、激活转录因子4（ATF4）、尿激酶型纤溶酶原激活剂（PLAU）、原癌基因（MYC）、核呼吸因子1（NRF1）、阴阳1（YY1）、E26转化特异性（ETS）转录因子ELK4（ELK4）、RELA（NF-κB的p65亚基）、维甲酸X受体α（RXRA）、干扰素调节因子9（IRF9）和肿瘤蛋白53（TP53）。通过BMI对正常体重（NW）和超重（OW）参与者进行亚组分析对比。
摄入橙汁后的转录组重塑
长期摄入橙汁重塑了外周血单个核细胞的转录组：3790个寡核苷酸发生变化，包括1705个蛋白质编码基因（大部分下调）、66个miRNA、19个lncRNA和67个snoRNA。主成分分析、偏最小二乘判别分析（PLS-DA）和聚类分析成功将T60与T0区分开，表明存在一致的干预信号。
富集的通路涉及血压控制（醛固酮合成/分泌、肾素分泌、血管紧张素转换酶抑制剂相关信号传导）、脂质代谢（产热、脂肪生成、线粒体脂肪酸β-氧化）、炎症（ toll样受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素17（IL17））、细胞黏附（ focal黏附、肌动蛋白细胞骨架）以及主要信号轴（丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、血管内皮生长因子受体2（VEGFR2）、磷酸肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、表皮生长因子（EGF）受体、环磷酸腺苷（cAMP）、胰岛素以及晚期糖基化终产物-晚期糖基化终产物受体）。其他富集的通路包括AHR信号传导和内质网（ER）蛋白质加工。
蛋白质-蛋白质相互作用枢纽包括丝氨酸/苏氨酸激酶AKT1、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、β-连环蛋白（CTNNB1）、热休克蛋白90α（HSP90AA1）和真核延伸因子2（EEF2）。
基因水平和非编码RNA调控
在基因水平上显现出心脏代谢相关性。与血压相关的基因烟酰胺磷酸核糖转移酶（NAMPT）和NLR家族 pyrin结构域包含蛋白3（NLRP3）表达下调，同时下调的还有核受体亚家族4A组成员2（NR4A2）、周期昼夜节律调节因子1（PER1）、盐诱导激酶1（SIK1）、G蛋白偶联受体183（GPR183）和血清/糖皮质激素调节激酶1（SGK1），这与有助于降低血压的机制相符。
炎症介质减少：IL1B、IL6、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2/COX-2）和G蛋白信号调节因子1（RGS1），这与NF-κB活性受抑制和细胞因子水平降低一致。
脂质/脂肪细胞相关程序也发生了改变： Kruppel样因子4（KLF4）、受体相互作用丝氨酸/